補完候補が出るのに妙に時間がかかったり、表示される候補も不完全だったり、正しいコードなのに波線で怒ってきたり。
そんなとき C:\Users\USERNAME\.WebIde*\system\index を丸ごと削除すると快調になったのでメモ。
いろんな箇所を疑いつつ数日イライラしながら仕事してたけど、こんな単純なことで解決して拍子抜け。

@Vexus2 さんより以下の情報を頂きました。ありがとうございます。

ファイル直消しよりもFind Actionから[Invalidate Caches]で消すほうが安全です！ RT @anis774: 2014年初ブログはPHPStormネタでした PHPStormの補完とかが何となく調子悪くて… http://t.co/QZ5Gie0zIr

— Vexus2 (@Vexus2) 2014, 1月 1

ちゃんと正攻法が用意されていたんですね。